Um einen Hcy-Überschuss abzubauen, wird zunächst eine normale Leber- und Nierenfunktion benötigt. Ausserdem sind verschiedene Kofaktoren nötig. Die drei wichtigsten sind: Folat, Cobalamin (Vitamin B12) und Vitamin B6. Der genetische Hintergrund kann ebenfalls eine wichtige Rolle spielen. Dies bedeutet, dass Polymorphismen in Genen, welche für die am Hcy-Abbau beteiligten Enzyme kodieren, an einer Hyperhomocysteinämie beteiligt sein können, besonders wenn gleichzeitig ein Vitaminmangel vorliegt.
Eine ausreichende Vitaminversorgung kann leichte bis mittlelschwere Störungen in der Leber- oder Nierenfunktion oder die Auswirkungen von genetischen Polymorphismen kompensieren. Eine Behandlung mit allen drei B-Vitaminen kann den Hcy-Spiegel in Menschen mit Störungen der Nieren- oder Leberfunktion oder einer Mutation in einem der für die Enzyme des Hcy-Stoffwechsels kodierenden Gene senken. Folsäure zeigt dabei den größten Effekt.